Heikki Niemeläinen on toiminut vuodet 1985–2006 Joensuun yliopistossa opetus-, tutkimus ja johtotehtävissä ja vuodesta 2001 alkaen Kuntien takauskeskuksen toimitusjohtajana Helsingissä. Kokoomukseen Niemeläinen liittyi vuonna 1987 ja oli rakentamassa Kokoomuksen uutta nousua Kokoomuksen puoluehallituksen jäsenenä vuodet 2004–2006. Koulutukseltaan Niemeläinen on yhteiskuntatieteiden tohtori (kansantaloustiede).